Phân loại dưới loài của Trăn đất đang gặp nhiều tranh cãi. Trăn Miến Điện (còn gọi là trăn mốc) từng được xem là 1 phân loài của trăn Ấn Độ với tên khoa học là Python molurus bivittatus. Tuy nhiên từ năm 2009 thì trăn Miến Điện được xác nhận là 1 loài riêng biệt với tên khoa học là Python bivittatus.[7] Tuy nhiên điều này vẫn chưa còn chờ các phân tích di truyền. Một số phân loài được định danh trong loài:

• Python molurus molurus (Trăn đá Ấn Độ)
• Python molurus pimbura (Trăn đá Sri Lanka)

Có nguồn tin cho rằng trăn đá Sri Lanka thì rơi vào tình trạng trở thành một đơn vị phân loại bán hợp lệ, đôi khi được coi là một phân loài thứ ba, đôi khi được xem như là cùng loài với trăn đá Ấn Độ.[8]